В фильме 28 дней спустя начинается с тревожной прелюдии, когда группа радикальных защитников природы проникает в закрытую лабораторию Кембриджского центра исследования приматов. В своем фанатичном стремлении освободить животных они выпускают на волю шимпанзе, зараженного экспериментальным вирусом неконтролируемой ярости. Этот роковой поступок запускает цепь катастрофических событий, которые всего за четыре недели превращают Великобританию в зону карантина, отрезанную от остального мира.
28 дней спустя рассказывает о Джиме, молодом курьере, который приходит в себя в лондонской больнице после автомобильной аварии. Он обнаруживает, что город опустел, а на улицах царит зловещая тишина. Вскоре он понимает ужасающую правду - большая часть населения превратилась в кровожадных существ, движимых слепой агрессией. Вместе с небольшой группой выживших Джим отправляется в опасное путешествие через опустошенную Англию в поисках спасения и ответов о происхождении апокалипсиса.
Фильм исследует не только физическое выживание в постапокалиптическом мире, но и моральные дилеммы, с которыми сталкиваются обычные люди в экстремальных обстоятельствах. Сюжет развивается от личной драмы до эпической борьбы за человечность в мире, где сама природа человека оказывается под вопросом.